Saison 1 (2012 / 2013)
L'agent Jack Crawford (Laurence Fishburne) du FBI recrute Will Graham (Hugh Dancy), un profiler qui possède un don particulier lui permettant d'aider à la capture de criminels. Cependant, Will est psychologiquement fragile et torturé par sa fascination dévorante pour les tueurs en série. Pour poursuivre ses activités policières, il est suivi par le Dr Hannibal Lecter (Mads Mikkelsen), un psychiatre de renom, avec lequel il développe une relation amicale et étrange.
Saison 2 (2013 / 2014)
Will Graham est enfermé dans un asile psychiatrique, accusé des crimes d'Hannibal. Depuis qu'il a découvert qui se cache véritablement derrière le psychiatre, il se bat pour prouver son innocence. Jack Crawford, à la recherche de réponses quant à son protégé, se tourne vers quelqu'un « de confiance » : le Dr Lecter. Même si son psychiatre lui conseille de prendre ses distances, Hannibal est tiraillé entre son désir de garder Will près de lui et le besoin de se protéger.
Saison 3 (2014 / 2015)
Hannibal est en cavale en Europe, accompagné de sa psychiatre, la docteure Bedelia Du Maurier. Même s'il arbore une nouvelle identité, il continue à entretenir son appétit insatiable.
Tandis que les vies de Will, Jack et Alana convergent à nouveau en direction d'Hannibal, chacun ayant ses propres raisons de vouloir l'attraper pour l'empêcher de nuire une bonne fois pour toutes, leur aventure dangereuse prend une tournure inattendue.